一、生產和加工標準不同 。
二、原理和方法不同 ：有機食品強調對生產全程的管理，其理論依據是好的過程有好的結果；而綠色食品特別注重生產環境和產品的檢測結果。
三、生產基地要求不同：綠色食品生產基地須生態環境良好 ，有機食品生產基地應是邊界清晰、所有權和經營權明確的農業生產單元，且需選擇空氣清潔、水質純凈、土壤未受污染、具有良好生態環境的地區。
有機食品是一種食品認證標準，生產過程嚴苛，嚴禁使用人工合成的農藥、化肥、激素，和轉基因食品技術及其衍生物。
綠色食品，由我國農業部提出，在生產過程中允許使用人工合成的農藥、生長激素，但對用量和殘留量有嚴格規定。
